中心致力于推进港澳区域理论研究，促进区域发展。 近十多年来，中心共承担科研项目305项，出版学术著作87本，发表SSCI、EI或CSSCI刊物学术论文404篇。围绕着国家和区域发展的问题，中心先后出版了《粤港澳区域合作研究丛书》、《中山大学港澳研究文丛》、《教育部人文社科重点研究基地重大项目成果丛书(港澳研究系列)》、《粤港澳区域关系研究丛书》等多套研究文丛，为粤港澳区域发展和三地合作提出新思路、新方向。中心坚持实事求是的科学态度，多次组织大规模港澳社会调查，为港澳区域研究积累一手数据，为港澳区域发展决策提供重要实证资料支撑。
中心致力于打造境内外港澳研究学者联系交流的枢纽。中心积极拓展与高校、政府以及境外机构长期合作关系，与香港大学、香港中文大学、香港岭南大学、澳门理工学院等签署了长期的合作协议，与香港浸会大学、香港城市大学等有经常的合作往来。通过学术交流和深度合作，奠定了中心国内外同行中的学术地位，发挥中心作为境内外港澳研究枢纽的影响力，积极推动优秀研究成果“走出去”。2009年12月，中心与澳门理工学院合作建立“中山大学——澳门理工学院博彩研究中心”，并成立“中山大学博士后创新实践基地”，为打造国际化、应用型博彩研究专门人才培养基地奠定基础。
中心致力于中青年学术骨干的培养，打造高水平学术团队。中心采取开放式培养的方式，鼓励青年研究学者出国（境）访学、积极开展与国（境）外学者的合作研究，开拓与国（境）外研究机构的合作关系。中心研究人员先后被派往美国哈佛大学、哥伦比亚大学、杜克大学、加州洛杉矶大学、纽约大学；英国伦敦政治经济学院、兰卡斯特大学；日本早稻田大学、东京大学；香港大学、香港中文大学等国际知名学府进行访问研究。部分研究人员更与国际学术权威（如哈佛大学经济系终身教授Richard Freeman等）合作完成研究成果。通过与国际权威的合作，中心研究人员更好地学习国际学术规范，迅速与国际接轨；并将国际前沿理论灵活运用于港澳区域的研究中，结合地区发展的实际，为港澳地区的繁荣和发展提供决策咨询建议。
中心坚持多学科、综合性、应用型的发展特色，汇聚经济学、社会学、政治学、法学多学科的科研力量，朝着建设国内领先，国际一流的目标不断努力，取得了显著成绩。2004年，中心入选为“985工程”二期哲学社会科学创新基地；2009年承担了“211”工程三期重点学科建设项目“粤港澳区域合作研究”；2010年再次入选为“985工程”三期港澳珠江三角洲研究创新基地。2012年初，以中心为主要依托的中山大学港澳台研究中心成立，并列入教育部区域和国别研究培育基地。2013年，中山大学与北京大学、深圳大学、国务院发展研究中心港澳研究所、香港中文大学、澳门大学、澳门理工学院等机构共同组建港澳与内地合作发展协同创新中心，开启港澳研究新篇章。